Rondstaartmuskraten zijn relatief groot en goed verdedigd, dus ze hebben niet veel natuurlijke vijanden. Echter, sommige dieren kunnen ze af en toe jagen:
- Grote slangen: Watermoccasins en grote knel-slangen kunnen een jong of verzwakt muskusrat onderwerpen.
- Alligators en krokodillen: Deze opportunistische reptielen kunnen een bedreiging vormen waar hun leefgebieden overlappen.
- Grote vissen: Soorten zoals meerval of snoek kunnen jonge muskusratten of die in kwetsbare posities jagen.
- Grotere zoogdieren: Coyotes, lynxen en wasberen kunnen muskusratten targeten als andere prooi schaars is.
Predatie op rondstaartmuskraten is waarschijnlijk geen significante factor in hun populatiedynamiek. Ze worden vaker beïnvloed door habitatverlies en -degradatie, evenals ziekten en parasieten.
