Er zijn veel microscopische dieren die zich voeden met fytoplankton, collectief genoemd zoöplankton. Enkele voorbeelden zijn:
- Coepoden: Kleine kreeftachtigen die een belangrijke voedselbron zijn voor veel grotere dieren.
- Reditieren: Kleine, wielvormige dieren met trilharen die hen helpen te bewegen en voedsel te vangen.
- Klopwatervlo's: Kleine kreeftachtigen met een carapax (schild) dat hun lichaam bedekt.
- Foraminiferen: Eencellige organismen met een schild van calciumcarbonaat.
- Radiolariërs: Eencellige organismen met een skelet van silica.
Het specifieke type zoöplankton dat een bepaald ecosysteem domineert, hangt af van factoren zoals watertemperatuur, zoutgehalte en voedingsstofbeschikbaarheid.