Het Knysna zeepaardje is bedreigd door:
- Overbevissing: gevangen als bijvangst zonder soortspecifieke regelgeving.
- Habitatdegradatie: kustontwikkeling, vervuiling en verandering van mangroven vernietigen broedgebieden.
- Langzame voortplanting: mannetjes dragen eieren, en verstoringen tijdens dit stadium verminderen het succes.
- Aquariumhandel: niet-duurzame verzameling put wilde populaties uit.
- Klimaatverandering: opwarming van zee en verzuring beïnvloeden habitats en prooidieren.
- Beperkte verspreiding: een klein gebied langs de zuidkust van Zuid-Afrika vergroot de kwetsbaarheid.
