Huisdieren
De rustige, kleurrijke omgeving van een zoutwateraquarium verandert in een slagveld wanneer plaagdieren binnendringen. De meeste van deze plaagdieren dringen de tank binnen via besmette rotsen of geïnfecteerde vissen. Zonder goede verzorging kan een duur aquariumopstelling veranderen in een viskerkhof. Met een beetje kennis kunnen zoutwateraquariumbezitters echter enkele van de meest voorkomende plaagdieren weerstaan.
Platwormen vallen verschillende soorten koraal aan die veel gebruikt worden in zoutwateraquaria. Twee soorten aquariumplatwormen zijn prevalent geworden in de VS. De meest voorkomende, de roestbruine platworm, verslindt de symbiotische micro-organismen die in koraal leven. Roestbruine platwormen kunnen zich in voldoende hoeveelheid vermenigvuldigen om koraal te bedekken en essentieel licht te blokkeren dat het koraal bereikt. Acropora-eters platwormen, een andere veelvoorkomende platworm in de VS, consumeren koraal van het geslacht Acropora. De ondoorzichtige kleur van de Acropora-eters platworm kan het moeilijk maken om deze in een aquarium te lokaliseren. Lage nitraatwaarden voorkomen platwormplagen.
De algemene "belalgen" omvatten verschillende soorten algen die zoutwateraquaria aantasten. De naam komt van de belachtige structuren die de algen creëren. De bellen bevatten sporen die zich uiteindelijk naar andere delen van het aquarium verspreiden. Hoge nitraatwaarden in het water helpen de algen een voet aan de grond te krijgen en zich te vermenigvuldigen. Daarom voorkomen lage nitraatwaarden de groei van belalgen. Fysieke verwijdering van de algen in een vroeg stadium werkt ook.
Hoewel verschillende soorten anemonen goede toevoegingen zijn aan een aquarium, is er één soort die dat niet is. De invasieve aiptasia anemoon hecht zich aan rotsen, koraal en glas. Wanneer ze bedreigd worden, losmaakt de soort van het voorwerp en zwemt ze naar veiligheid. Aiptasia anemonen planten zich ongeslachtelijk voort en laten nieuwe anemonen groeien van afgehakte delen. De soort gebruikt stingscellen voor defensie, vergelijkbaar met kwallen. De overlevingstactieken van de anemoon kunnen fysieke verwijdering moeilijk maken. Sommige aquariumbezitters voegen natuurlijke roofdieren toe, zoals pepermunt garnaal en berghia, om aiptasia plagen te elimineren.
Hoewel ze algemeen worden genoemd "blauwgroene algen", lijken cyanobacteriën op algen alleen qua vorm. Cyanobacteriën stollen tot bladachtige kolonies binnen een aquarium. Sommige stammen van cyanobacteriën vormen geen bedreiging, terwijl sommige stammen neurotoxinen en andere gifstoffen in het water vrijgeven. Een grote plaag van giftige cyanobacteriën doodt snel alle planten en vissen in het aquarium. Antibiotica werken goed tegen cyanobacteriën, maar kunnen het risico verhogen op het creëren van een antibiotica-resistente stam van de bacterie.