De populatie van de woestijnbandicoot is moeilijk te schatten vanwege zijn ontluikende aard en de uitdagingen van het inventariseren van zijn droge, afgelegen habitat. Onderzoek en behoudsinspanningen wijzen op:
- Leefgebiedsverlies en fragmentatie: Omzetting van bossen en zandvlaktes naar landbouw, verstedelijking en mijnbouw heeft de soort zwaar getroffen.
- Beperkte verspreiding: Voornamelijk in aride regio's van West-Australië en het Noordelijk Territorium, wat het kwetsbaar maakt voor bedreigingen.
- Roofdierdruk en concurrentie: Wilde katten en vossen jagen op ze, terwijl konijnen en kameelen concurreren om voedsel en hulpbronnen.
- Behoudsinspanningen: Beschermde gebieden, roofdierbeheer, herstel van leefgebied en gemeenschapseducatie zijn gaande.
Populatiesschattingen variëren van een paar honderd tot enkele duizenden individuen afhankelijk van het studiegebied, maar deze vertegenwoordigen mogelijk niet het hele verspreidingsgebied. De woestijnbandicoot staat op de IUCN-lijst als "kwetsbaar".
