De goudborstkapucienaap is bedreigd door:
- Jacht: Gedood voor vlees en bont, en gevangen voor de huisdierhandel, onderzoek en circussen.
- Habitatvernietiging: Ontbossing heeft haar al kleine bereik verminderd, met sommige Braziliaanse bossen die met tot 95 procent zijn afgenomen.
- Klimaatverandering: Veranderde temperatuur- en regenvalpatronen beïnvloeden voedsel, schuilplaats en reproductie.
