Rafflesia is om verschillende redenen bedreigd:
- Habitatverlies: Ontbossing voor houtkap, landbouw en ontwikkeling vernietigt het regenwoudhabitat.
- Illegale inzameling en handel: De unieke bloemen worden gestroopt voor souvenirs en handel.
- Verminderde bestuivers: Afname in vliegenpopulaties belemmert bestuiving en voortplanting.
- Klimaatverandering: Veranderde weersomstandigheden beïnvloeden gastheerplanten en de levenscyclus van de plant.