De IUCN Rode Lijst klassificeert acht van de 98 hoefijzervleermuissoorten als bedreigd. De belangrijkste oorzaken zijn:
- Habitatverlies en klimaatverandering: Ontbossing voor landbouw, houtkap en stedelijke uitbreiding vernietigt rustplaatsen en voedselbronnen. Klimaatverandering beïnvloedt ook de verspreiding van insecten, wat de jachtpatronen van de vleermuizen verstoort.
- Jacht en vervolging: Hoefijzervleermuizen worden soms gejaagd voor voedel of medicijnen, en gedood als plaagdieren wanneer ze in gebouwen nestelen.
- Ziekten: Net als andere wildlevende dieren zijn ze vatbaar voor ziekten en parasieten. Sommige coronavirussen zijn gekoppeld aan hoefijzervleermuizen, hoewel niet alle soorten ziekten overbrengen en ze een vitale rol spelen in insectenbestuiving en bestuiving.
- Tekort aan behoudsinspanningen: Beperkte kennis van hun ecologische behoeften en een gebrek aan effectieve beschermingsmaatregelen dragen bij aan populatiedalingen.
Natuurlijke populatieschommelingen, genetische diversiteit en interacties met andere soorten beïnvloeden hoefijzervleermuizen ook. Hun bescherming vereist onderzoek, habitatbescherming, publieksbewustwording en samenwerking tussen regeringen, natuurbeschermers en gemeenschappen.
