Huisdieren
Habitatverlies en fragmentatie: Bossen worden gekapt voor houtkap, landbouw en ontwikkeling, waardoor voedsel en beschutting worden vernietigd en de kwetsbaarheid voor jacht toeneemt.
Jacht en stroperij: Gejaagd voor vlees, huid en gewei. Zwakke handhaving en stroperij voor lokale markten zijn grote problemen.
Ziekte: Gevoelig voor geïntroduceerde en endemische ziekten, waaronder mond-klauwzeer, die ernstige ziekte en de dood kan veroorzaken.
Concurrentie met andere soorten: Geïntroduceerde herten zoals rusa en sikaherten concurreren om voedsel en habitat en kunnen ziekten overdragen.
De populatie van het Filipijnse hert neemt snel af. Tenzij er effectieve natuurbeschermingsmaatregelen worden genomen, is het waarschijnlijk dat het uitsterft in het wild.