Huisdieren
Kapucijnapen worden belaagd door grote roofvogels zoals harpijearenden, haviken en uilen. Grote katachtigen zoals jaguars en puma's jagen ook op hen. Grote slangen zoals boa constrictors kunnen kapucijnapen belaagd.
Vijanden richten zich meestal op jongere, zwakkere of gewonde apen. Gezonde volwassen kapucijnapen zijn wendbaar en slim, waardoor ze moeilijke prooien zijn.