De San Francisco Bay Area is de thuis van veel inheemse dieren:
Zoogdieren
- Californiëse zeeleeuw, grijze vinvis, zeehond, Californiëse grondeekhoorn, zwartstaarthert, coyote, puma, bobcat, das, grijze eekhoorn.
Vogels
- Californiëse meeuw, bruine pelikaan, blauwe reiger, goudarend, sleeuwerik, Californiëse kwakkel, Anna's kolibrie, roodstaartbuizerd.
Reptielen en Amfibieën
- Westelijke hekikker, Californiëse roodpootkikker, boomsalamander, westelijke moerasschildpad.
Vissen
- Gestreepte baars, chinookzalm, cohozalm, steelheadforel.
Ongewervelden
- Monarchvlinder, lieveheersbeestje, honingbij, westelijke tijgervlinder.
De diverse leefgebieden van de Bay Area maken het een toevluchtsoord voor wildlife.
