HMS Beagle was niet vernoemd naar het beagle hondenras. De oorsprong van de scheepsnaam is niet volledig duidelijk, maar er zijn verschillende verklaringen:
- De naam kan afstammen van het verouderde Oudengelse woord "beagle", betekenis een klein schip of schuitsloep, gebruikt vanaf de 14e eeuw voor licht bewapende verkenning- en voorraadschepen.
- Het kan geïnspireerd zijn door de Beagle Channel, een smalle waterweg tussen Chili en Argentinië, benoemd door Britse ontdekkers in de late 18e eeuw.
- Sommige historici suggereren dat de naam beïnvloed was door Beagle Harbour in Australië, genoemd door Britse ontdekkers in 1838, kort voordat HMS Beagle uitzailde op zijn beroemde reis.
