Geeloogpinguïns hebben te maken met meerdere bedreigingen:
- Habitatverlies: kustontwikkeling en ontbossing degraderen broed- en voedselgebieden.
- Menselijke verstoring: vaart, visserij en recreatie stressen broedende vogels.
- Predatie: geïntroduceerde hermelijnen, ratten, honden en katten plunderen nesten en doden pinguïns.
- Ziekten: uitbraken verspreiden zich snel in kleine populaties met beperkte genetische diversiteit.
- Klimaatverandering: stijgende zeespiegel, stormen en veranderde stromingen beïnvloeden voedsel en broedplaatsen.
- Bijvangst: pinguïns verdrinken in visnetten.
- Concurrentie: invasieve soorten concurreren om voedsel en broedruimte.
Het beschermen ervan vereist habitatbehoud, predatorbestrijding, ziektebeheer en klimaatactie.