Estuaria zijn kwetsbaar vanwege verschillende overlappende kwetsbaarheden:
- Gevoeligheid voor vervuiling: het mengen van zoet en zout water zorgt ervoor dat verontreinigingen blijven bestaan en zich ophopen.
- Habitatverandering: baggeren, landaanwinning en ontwikkeling vernietigen vitale habitats.
- Overbevissing: niet-duurzame vangst putt visbestanden en broedplaatsen uit.
- Grondstoffenwinning: zand, grind of olie winnen verstoort de fysieke structuur en stroming.
- Klimaatverandering: zeespiegelstijging, verzuring en zoutgehaltsveranderingen destabiliseren het ecosysteem.
Het beschermen van estuaria vereist uitgebreid beheer, natuurbescherming en duurzame praktijken.