De Filipijnen zijn de thuisbasis van diverse inheemse zoetwatervissen, waaronder verschillende barbelen. Regenboogforel is ook geïntroduceerd voor commerciële en recreatieve doeleinden.
Inheemse soorten zijn
- Gevlekte barbeel (Puntius binotatus): Gevonden in rivieren, beken en bergmeren.
- Inheemse barbeel (Puntius sp.): Lokaal bekend als "dalag", in bergbeken.
- Mindoro barbeel (Puntius sealei): Endemisch voor Mindoro.
- Palawan barbeel (Puntius palata): In Palawan's rivieren en beken.
- Malabar rode barbeel (Puntius filamentosus): Geïntroduceerd, in zoetwaterlichamen.
- Roodstaart borstelbarbeel (Puntius erythromicron): Inheems in Filipijnse rivieren en beken.
Andere inheemse zoetwatervissen zijn gouden goerami, gevlekte mesvis, reuzengoerami en wilde zeeviskjespopulaties.
