Huisdieren
Blauwalgen, ook wel cyanobacteriën genoemd, zijn bacteriën die fotosynthese uitvoeren. Cyanobacteriën geven het aquarium een vuil uiterlijk en verstikken waterplantenleven. Blauwalgen stoten ook toxines uit, die negatief invloed hebben op vissen. Hoewel blauwalgen typisch voorkomen in nieuw ingestelde systemen, kunnen ze verschijnen in volwassen aquaria die slecht worden beheerd. Vuile filters en stukjes ongegeten voedsel stellen blauwalgen in staat om zich gemakkelijk te vestigen.
Blauwalgen moeten aanvankelijk fysiek met de hand worden verwijderd. Blauwalgen vormen dikke matten op het aquariumsubstraat, rotsen en decoratie. Rotsen en decoratie kunnen gemakkelijk worden verwijderd en gereinigd. Een harde borstel verwijderd cyanobacteriën van deze items, die vervolgens onder stromend water moeten worden afgespoeld voordat ze terug in het aquarium worden geplaatst. Blauwalgen kunnen ook filterbuizen en powerheads bedekken, en deze items kunnen normaal gesproken ook worden verwijderd voor reiniging. Blauwalgen zijn typisch resistent tegen uitroeiing en de aquariër zal het reinigingsproces meer dan één keer moeten herhalen.
Blauwalgenmatten die het substraat bedekken, kunnen ook uit het aquarium worden gezogen. Het proces van zuigen verwijdert grote hoeveelheden cyanobacteriën en heeft het extra voordeel dat de aquariër oud water, dat een hoge organische belasting heeft, kan vervangen door vers water. Water zal uit het aquarium worden gezogen samen met de matten blauwalgen, en op deze manier wordt metabolisch afvalmateriaal in het aquariumwater verdund. Het kan nodig zijn om dit proces elke twee of drie dagen te herhalen tot de cyanobacteriën zijn uitgeroeid.
Cyanobacteriën groeien het best in omgevingen die slecht geventileerd zijn en waar de circulatie laag is. Aquarianen moeten hun filters en pompen reinigen en ervoor zorgen dat deze apparatuur optimaal functioneert. Extra luchtsteentjes kunnen aan het aquarium worden toegevoegd om de beluchting te verhogen en aquarianen moeten streven naar bijna verzadigingsniveaus van zuurstof in het water. De uitlaatmonden van powerheads en andere filters moeten naar de hoeken van het aquarium worden gericht om potentiële stilstaande gebieden te elimineren. In gevallen waar de blauwalgen bijzonder resistent tegen controle zijn, moet een tweede filter in het aquarium worden opgenomen.
Blauwalgen gedijen in een omgeving met hoge voedingsstoffen. Vissen geven continu metabolisch afval af in het aquarium. Dit afval bestaat uit mest en urine en moedigt verhoogde niveaus van zowel fosfaten als nitraten in het aquarium aan. Hoe meer vissen een aquarium bevat, hoe hoger de metabolische belasting zal zijn. Overbevolkte aquaria zijn doorgaans ook overgevoed vanwege het grote aantal individuele vissen. Ongegeten voedsel wordt vaak in deze aquaria aangetroffen en blauwalgen gedijen onder deze omstandigheden.