De Magelhaenpinguïn is door de IUCN aangemerkt als Kwetsbaar. De populatie is afgenomen door verschillende factoren:
- Overbevissing: Uitgeputte visbestanden verminderen de voedselbeschikbaarheid en verhogen de concurrentie met visvaartuigen.
- Habitatverlies en -degradatie: Stedelijke ontwikkeling, toerisme, vervuiling en klimaatverandering verstoren broedplaatsen en reproductiesucces.
- Bijvangst: Pinguïns verdrinken in visnetten, wat sterfte onder volwassenen en juvenielen veroorzaakt.
- Klimaatverandering: Stijgende zeespiegel, verschuivende voedselvoorraden en vaker voorkomende stormen beïnvloeden reproductie en overleving.
- Olieverontreiniging en Vervuiling: Olie beschadigt veren, waardoor isolatie en drijfvermogen worden aangetast, wat dodelijk kan zijn.
- Predatie: Natuurlijke roofdieren zijn pelsrobben, zeeleeuwen en grote meeuwen; menselijke impact op ecosystemen kan de predatiedruk verergeren.
Natuurbeschermingsinspanningen omvatten mariene beschermde gebieden, visregelgeving, vermindering van bijvangst, herstel van habitat, respons op olieverontreiniging en publieke voorlichting. Voortdurende monitoring en internationale samenwerking zijn essentieel voor het lange-termijn overlevingskans van de soort.