De blauwe eend is bedreigd door verschillende factoren:
- Habitatverlies en -degradatie: Bedreigd door ontbossing, watervervuiling en exotische soorten.
- Jacht en predatie: Gejaagd om het vlees en de veren, en ten prooi vallend aan hermelijnen en ratten.
- Ziekte: Gevoelig voor aviaire cholera en pokken.
- Klimaatverandering: Verandert het leefgebied en het voedselaanbod.
