Huisdieren
Eekhoorns zijn vrij algemeen in parken en bossen. Net als alle dieren zijn eekhoorns vatbaar voor ziekten. Virale en bacteriële pathogenen in hun leefomgeving kunnen ziekte veroorzaken, soms dodelijk. Eekhoorns in gevangenschap kunnen profiteren van dierenzorg, maar die in het wild zijn aan zichzelf overgelaten.
Eekhoorns die bottenziekte door stofwisselingsstoornissen ontwikkelen, lijden aan een slecht dieet, vooral een tekort aan vitamine D of een gebrek aan licht. Deze ziekte komt vaak voor bij eekhoorns in gevangenschap die niet voldoende natuurlijk licht krijgen. Het kan worden verholpen door de dieren ten minste 20 minuten direct zonlicht per dag te geven, of, als dat niet haalbaar is, door full-spectrumlampen te gebruiken. Symptomen zijn lusteloosheid en pijn.
Eekhoornpokken, ook bekend als eekhoornfibroom, veroorzaakt de groei van tumoren op de epidermis van de eekhoorn. Het wordt viraal overgedragen, meestal door muggen of van eekhoorn op eekhoorn. Jonge eekhoorns zijn het meest vatbaar. De tumoren kunnen uitzaaien naar ernstigere tumoren die de interne organen aantasten. Er is geen bekende genezing voor eekhoornpokken.
Eekhoorns zijn vatbaar voor verschillende parasiet overdraagbare ziekten. Dit omvat baylisascaris (een soort rondworm), haakwormen (die bloedarmoede kunnen veroorzaken), coccidiose (een parasitaire ziekte die de dunne en dikke darm aantast en interne bloedingen veroorzaakt) en giardia (een andere darmparasiet die meestal wordt overgedragen via besmette ontlasting).
Encefalomyocarditis is een andere virale ziekte. Het veroorzaakt ontsteking en degeneratie van skelet- en hartweefsel en vernietigt het zenuwstelsel van de eekhoorn. De ziekte wordt meestal verspreid door contact met besmette knaagdieren of door secundaire bacteriële overdracht. Symptomen zijn verhoogde hartslag, ademhalingsproblemen, blaren, fysieke pijn en een gebrek aan motorische functie. Besmette eekhoorns worden behandeld met antibiotica in geval van secundaire bacteriële infectie.