Huisdieren
New Mexico is rijk in biodiversiteit, op plaats vier van inheemse soorten volgens NatureServe. De staat is droog, met relatief weinig amfibieën en zoetwatersoorten. Deze droge omgeving biedt wel een geschikt leefgebied voor diverse spinachtigen, arachniden en insecten.
Zoogdiersoorten: Canadese lynx, Gunnison's prairiehond, zwartvoetfrets, kleine neusvleermuis, Mexicaanse neusvleermuis, woestijnzakmuis, penasco eekhoorn, vlaktevos, geelneus katoenrat, grijze wolf. De jaguars, grootste inheemse Amerikaanse kat, was verdwenen uit het zuidwesten tot een waarneming in New Mexico in 1996.
Vissoorten: bronkwartel, Rio Grande snijtrog, ronde kwar, Gila kwar, Zuni blauwkop zucker, Gila topminnow, Rio Grande dwergkwar, Chihuahua kwar, spikedace, White Sands kuifeend, grijze rotskarp, Sonora zuigkarper. Ook de loach-kwar: legt 5-250 eieren onder een platte rots.
Amfibieën: Jemez Mountains salamander, Chiricahua waterpad, alpine pad, laagland waterpad, Sacramento Mountain salamander. Reptielen: Mexicaanse garterslang, duinzandhagedis, klapperslang, grijze kwispelende hagedis, smalle garterslang. De New Mexico rugklapperslang, gedacht bedreigd, leeft nog in de woestijnen.
Vogelsoorten: kleine prairiekip, Sprague's pieper, geelbekkoekoek, dwergstern, noordelijke aplomado valk, zuidwestelijke wilgenvliegenvanger, mannetjesrietgans, berghoepel, Mexicaanse ooruil, Amerikaanse peregrine valk, arctische peregrine valk, baarduil. Westelijke grottenuil wordt zeldzamer, nu 'soort van zorg'.
Veel ongewervelden: anthropoden en weekdieren. Antropoden: Noel's amphipod, animas minimooskever, Anthony blaaskever, bonita duikkever, woestijnweertervlinder, kalksteenloopkever, New Mexico zilvervlinder, koninklijke zilvervlinder. Socorro isopod: aquatische isopod, uniek, overleeft alleen in restanten van één thermale bron. Weekdieren: chupadera bronsslak, Gila bronsslak, Texas horenslak, Toltecus chihuanus duizendpoot, Doña Ana talusslak, pecos bronsslak, Sangre de Cristo peaclam.