Huisdieren
De regio van de Grote Meren is de thuisbasis van duizenden soorten en een breed scala aan ecosystemen. Veel soorten gedijen, hoewel een paar worden beschouwd als bedreigd. Die soorten met zeer specifieke habitatvereisten zijn kwetsbaar voor veranderingen, evenals grotere zoogdieren die mogelijk historisch gezien als ongedierte zijn bejaagd en nog niet hun populatieaantallen hebben hersteld.
Historisch gezien werd de grijze wolf in de regio van de Grote Meren als bedreigd aangemerkt, maar per eind 2010 werden ze van de lijst verwijderd. De drie zoogdiersoorten die momenteel als bedreigd zijn aangemerkt, zijn alle vleermuizen. Ze hebben populatiedaling geleden door de witte-neus-syndroom. De Indiana-, grijze en Ozark grote oorvleermuizen lopen allemaal risico door een witte schimmel die sinds 2006 meer dan een miljoen vleermuizen heeft gedood. Andere factoren die van invloed zijn geweest op vleermuisaantallen zijn habitatverlies en verstoring van winterslaap door mensen.
De regio van de Grote Meren is de thuisbasis van vier vogelsoorten die op de federale bedreigde lijst staan. Vanwege habitatverlies veroorzaakt door de aanleg van dammen in rivieren, is de kleinste stern een groot deel van haar habitat kwijtgeraakt. Menselijke inmenging in haar habitat heeft de Kirtland's zanger beïnvloed. Toename van strandontwikkeling en recreatie rond de oevers van de Grote Meren heeft de nesthabitat van de pijlstaartloper beïnvloed. De hoogste vogel van Noord-Amerika, de witte kraanvogel, is ook bedreigd in het gebied vanwege habitatverlies en jacht.
Per april 2011 staan er geen reptielensoorten op de lijst als bedreigd in de regio, maar er zijn er drie die worden gemonitord en overwogen voor de lijst. Vanwege de drainage van moerassen en ontbossing staan de koperbuikwaterslang en het Eriemeer-waterslang als kwetsbaar aangemerkt in het gebied. Het verlies van habitat en gebrek aan bosbedekking hebben de slang kwetsbaarder gemaakt voor roofdieren. De giftige oostelijke massasauga koppelslang staat als kwetsbaar of bedreigd aangemerkt in elke staat waarin het wordt gevonden. Habitatverlies en opzettelijke doding door mensen hebben beide een enorme impact op de soort gehad. Beide soorten op elk moment bedreigd kunnen worden.
De regio van de Grote Meren is de thuisbasis van drie soorten bedreigde vissen. De bleke steur heeft een groot deel van zijn rivierhabitat verloren door de aanleg van dammen in waterwegen. Het is niet geschikt om in meren te overleven en heeft daardoor populatiedaling geleden. De Scioto madtom staat als bedreigd aangemerkt, hoewel het mogelijk al uitgestorven is; er zijn slechts 18 exemplaren ooit gezien en er zijn er geen geregistreerd sinds 1957. De Topeka shiner is een kleine vis, gevonden in stromen, die hoofdzakelijk is gedaald vanwege omleiding voor gewasirrigatie en de introductie van roofvissen in hun habitat.