Huisdieren
Alle huisdieren die we vandaag kennen, zijn een resultaat van lijnfokkerij. Door duizenden jaren van lijnfokkerij werden definieerbare rassen gecreëerd. Dit geldt voor koeien, paarden, honden en zelfs vissen. Lijnfokkerij opent de genetische gezondheid van een ras, verduidelijkt zowel de dominante als recessieve kenmerken van een familiaire lijn voor een fokker. Dan kan de fokker spelen met welke kenmerken worden overgedragen.
Lijnfokkerij, inbreeding en incest zijn allemaal soortgelijke termen die beschrijven hoe een dier wordt gepaard. Inbreeding betekent doorgaans dat een dier wordt gekoppeld aan een direct familielid. Paarcombinaties tussen vader-dochter, moeder-zoon en broer-zus zouden inbreeding worden genoemd. Bij mensen wordt dit incest genoemd en wordt het bijna overal ter wereld beschouwd als een taboe. In de natuur en de dierhouderij is inbreeding echter eigenlijk een vrij normale gebeurtenis. Lijnfokkerij beschrijft doorgaans een paarcombinatie waar er meer familieafstand is tussen de individuen, zoals oom-nicht of neef-nicht combinaties.
Zelfs voordat iemand van genen wist, experimenteerden fokkers al met genetica. Lijnfokkerij creëert rassen door de genenpool te beperken. Wanneer twee volledig niet-verwante dieren paren, zal de nakomelingschap kenmerken vertonen die de genetische familiebomen van beide ouders weerspiegelen. Bij lijnfokkerij wordt een familiaire lijn onder elkaar gefokt om bepaalde kenmerken te versterken. Recessieve kenmerken zijn kenmerken die een individu niet vertoont, maar wel in zijn nakomelingschap kan vertonen. Deze worden ook duidelijk door generaties van lijnfokkerij.
Alle kenmerken van een individu worden beïnvloed door lijnfokkerij. Het uiterlijk of temperament van een dier kan worden overgedragen door het te paren met zijn afstammelingen. Het attribuut moet echter genetisch zijn, geen gevolg van de behandeling van een individu of een ongeluk (de puppy's van een hond die zijn been is kwijtgeraakt, zullen nog steeds allemaal de zijne hebben). In elke fokgroep zal lijnfokkerij de hoeveelheid verzwakkende genetische aandoeningen, zoals blindheid of onvruchtbaarheid, verhogen die doorgaans zeldzaam zijn bij heterozygoot (niet-verwant) fokken.
Boeren hebben zeer specifieke toepassingen voor lijnfokkerij. Individuen met wenselijke kenmerken kunnen worden gekozen voor fokkerij zodat die kenmerken kunnen voortduren. Dieren met onwenselijke kenmerken, inclusief genetische defecten zoals hemofilie, kunnen worden verwijderd uit het fokvee. Door generaties van lijnfokkerij worden "goede" kenmerken exponentieel begunstigd en worden "slechte" kenmerken uiteindelijk verwijderd. Als de resulterende afstammelingen verschillend genoeg zijn van het ras van de oorspronkelijke voorouders, is er een nieuw ras gecreëerd.